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R을 이용한 GEBCO자료 시각화

· GEBCO데이터 다운로드 하기  TOP

GEBCO자료는 GEBCO 사이트와 BODC사이트에서 자료를 다운로드 할 수 있습니다.
다운로드 페이지(GEBCO) :  https://www.gebco.net/data_and_products/gridded_bathymetry_data/
다운로드 페이지(BODC) :  https://www.bodc.ac.uk/data/hosted_data_systems/gebco_gridded_bathymetry_data/
*자료 다운로드를 위해서는 BODC 사이트의 회원가입이 필요합니다.
*본 튜토리얼은 GEBCO 공식 사이트의 다운로드 페이지로 작성되었으나, BODC 사이트와 동일합니다.

1. 다운받고자 하는 범위의 위도, 경도를 설정해 줍니다.

  • 위경도 설정은 직접 입력 또는 Shift + 왼쪽 클릭 후 드래그를 사용하여 설정할 수 있습니다.
  • 본 튜토리얼의 위경도는 WMO Square(1312, 1313, 1412, 1413)영역에 해당하는 위경도(120E, 30N, 140E, 50N)를 사용하였습니다.

2. 원하는 데이터 타입을 선택해 다운받을 수 있습니다.

  • GEBCO_2014 Grid (30 arc-second interval) : 30초각 해상도 파일
  • GEBCO_2014 SID Grid (30 arc-second interval) : SID 파일 (SID 파일 : Source Identifier)
  • GEBCO One Minute Grid (1 arc-minute interval) : 1분각해상도 파일

3. R에서는 netCDF 파일을 사용하므로 netCDF파일을 포함하여 다운로드합니다.

4. 다운받을 데이터를 모두 선택 후 Add data to basket버튼을 눌러 장바구니에 추가합니다.

5. View basket 버튼을 누르면 BODC 사이트로 이동하고, 추가한 데이터를 확인할 수 있습니다.

[view/hide] 버튼으로 담은 자료를 확인할 수 있으며, Download버튼을 눌러 자료를 다운로드합니다. (BODC 사이트 로그인 후 다운로드 할 수 있습니다.)

· R에서 GEBCO데이터 시각화 하기  TOP

R 설치가 되있지 않은 사용자는 R튜토리얼 - R다운로드 및 설치 를 먼저 보시고 따라해 주시기 바랍니다.  → R튜토리얼 바로가기
GEBCO의 netCDF파일을 사용하기 위해 "marmap" 패키지를 설치해 줍니다.

· GEBCO데이터 불러오기  TOP

패키지가 설치되었다면 아래의 소스코드를 실행하여 GEBCO데이터를 gebco변수에 저장합니다.

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library(marmap)
 
# gebco 변수에 저장하기위해 파일이 저장되어 있는 경로 지정
gebco <- readGEBCO.bathy(file="C:/Users/kesti/Documents/R/GEBCO_R/data/GEBCO_2014_2D_120.0_30.0_140.0_50.0.nc")
 
summary(gebco)
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##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
## -5118.0  -706.0     1.0  -491.8   271.0  3664.0
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##                  29.9958333333333 30.0041666666667 30.0125
## 120.004166666667               41               17      12
## 120.0125                       82               51      13
## 120.020833333333              172              164      28
## 120.029166666667              147               99      35
## 120.0375                       58               34      90
##                  30.0208333333333 30.0291666666667
## 120.004166666667               11               11
## 120.0125                       11               11
## 120.020833333333               11               11
## 120.029166666667               13               12
## 120.0375                       99               23

summary(gebco)함수는 gebco데이터에 대한 요약설명을 보여줍니다.
해당 데이터의 경우 수심자료는 총 2401x2402 행렬이며, 수심 통계량은 최소값과 최대값이 각각 -5118.0m, 3664.0m이고 평균은 -491.8m임을 알 수 있습니다.

· GEBCO데이터 시각화  TOP

gebco변수에 입력된 GEBCO데이터는 plot함수를 활용하여 시각화 할 수 있습니다.

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plot(gebco)

· SID파일 확인하기  TOP

GEBCO자료를 다운받을시 SID파일을 함께 다운받았다면, 현재 시각화 되어있는 GEBCO plot이미지에 추가하여 확인할 수 있습니다. 아래의 소스코드를 실행하여 SID 데이터를 sid변수에 저장합니다.

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# sid 변수에 저장하기위해 파일이 저장되어 있는 경로 지정
sid<-readGEBCO.bathy(file="C:/Users/kesti/Documents/R/GEBCO_R/data/GEBCO_2014_SID_2D_120.0_30.0_140.0_50.0.nc", resolution=1, sid=TRUE)
summary(sid) # sid데이터 요약확인
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##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
##   -8888   -8888   -8888   -3337       0    9999
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##                  29.9958333333333 30.0041666666667 30.0125
## 120.004166666667            -8888            -8888   -8888
## 120.0125                    -8888            -8888   -8888
## 120.020833333333            -8888            -8888   -8888
## 120.029166666667            -8888            -8888   -8888
## 120.0375                    -8888            -8888   -8888
##                  30.0208333333333 30.0291666666667
## 120.004166666667            -8888            -8888
## 120.0125                    -8888            -8888
## 120.020833333333            -8888            -8888
## 120.029166666667            -8888            -8888
## 120.0375                    -8888            -8888

SID 데이터가 제대로 입력되었는지 확인한 후 다음 과정을 진행합니다.
sid변수에 저장된 SID데이터를 contour 함수를 활용하여 시각화 할 수 있습니다.

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plot(gebco)
contour(as.numeric(rownames(sid)), as.numeric(colnames(sid)), sid, drawlabels = FALSE, lwd = 0.1, add = TRUE)

이상으로 R을 활용하여 GEBCO자료 시각화하기 기본튜토리얼을 마치겠습니다.  TOP